EvryRNA est une plateforme logicielle génopolitaine qui met à disposition de la communauté scientifique des outils pour l’analyse des acides ribonucléiques (ARN) non codants.
Ces molécules ont révélé ces dernières décennies leur rôle majeur dans les mécanismes biologiques et dans diverses maladies dont les cancers.
La plateforme EvryRNA, dirigée par le Pr Fariza TAHI, est hébergée au sein du laboratoire IBISC (Informatique, Bio-informatique et Systèmes Complexes – Université d’Évry Paris-Saclay).
Elle fait partie des 24 plateformes et plateaux techniques mutualisés sur le biocluster Genopole.
L’équipe Bioinformatique des ARN dirigée par Fariza Tahi développe des algorithmes et des méthodes computationnelles dédiés à l’analyse des ARN. Il s’agit là d’identifier les ARN dans les séquences génomiques, de déterminer leur caractère codant ou non-codant, ou encore de prédire leurs conformations dans l’espace, déterminantes pour leur fonction. Les ARN ont en effet la propriété de se replier grâce aux liaisons des acides ribonucléiques qui les constituent.
Les ARN non codants ouvrent un large champ scientifique
Les deux dernières décennies ont été le théâtre de la découverte d’une multitude d’ARN non codants, issus des régions de notre génome qui ne codent pas de protéines et que l’on a longtemps pensé inutiles. Les biologistes connaissaient bien la fonction des ARN ribosomiques et des ARN de transfert pour traduire le message des gènes en protéines. Mais récemment, ils ont révélé le rôle biologique essentiel de nombreux autres ARN (micro-ARN, petits ARN interférents, longs ARN non-codants…). Ces ARN non-codants agissent comme des régulateurs de l’expression des gènes, donc comme des acteurs du développement des organismes, de l’adaptation aux changements environnementaux, etc. Ils interviennent dans les processus biologiques, mais aussi dans les maladies, notamment les cancers et les maladies neuro-dégénératives. Mieux connaître les ARN non-codants pourra notamment contribuer à mieux comprendre ces pathologies, mais aussi à envisager de nouvelles approches thérapeutiques.
Plateforme EvryRNA : Une vingtaine d’outils interactifs, librement accessibles
Pour s’inscrire dans cette dynamique scientifique et répondre aux besoins des biologistes, le laboratoire IBISC a conçu une panoplie d’outils bio-informatiques librement accessibles sur la plateforme EvryRNA. Ils reposent pour les plus récents sur des technologies et approches algorithmiques comme l’optimisation multi-objectif, les cartes auto-organisatrices (SOM pour Self Organizing Map), les réseaux de neurones profonds, …
En plus de la performance, les chercheurs d’IBISC ont cherché à rendre l’utilisation de ces logiciels aisée et interactive.
La plupart présentent ainsi de nombreux atouts :
- Une interface web intuitive ;
- Une représentation graphique des résultats facilement interprétable ;
- La possibilité pour le biologiste utilisateur d’agir sur les paramètres puis réexécuter le modèle pour améliorer sa performance ;
- La possibilité d’inclure les jeux de données ou les connaissances du biologiste dans le modèle.
Une plateforme labellisée et soutenue par Genopole
Genopole soutient l’activité de la plateforme EvryRNA, profitable notamment à son axe stratégique des thérapies innovantes. Genopole a financé la mise à niveau de l’infrastructure informatique, notamment un serveur de calcul et des baies de stockages, à hauteur de 60 K€.
