Campus

Premier biocluster français, Genopole est un incubateur de projets d’excellence dédié aux biotechnologies. Situé à Evry-Courcouronnes, il offre un environnement unique aux chercheurs et aux entrepreneurs qui souhaitent innover et faire avancer la recherche.

Découvrir >

Offres

Que vous soyez chercheur, post-doctorant ou une jeune startup, Genopole vous accompagne à toutes les étapes de votre projet pour vous offrir les meilleures conditions possibles de développement business.

Découvrir >

Genopolitains

Chaque jour à Genopole chercheurs, entrepreneurs et étudiants se croisent, cohabitent et collaborent, pour une véritable émulation au service de l’innovation.

Découvrir >

Temps forts

Donner de l’envergure à la recherche et au travail de notre communauté fait aussi partie de nos missions à Genopole. Retrouvez les dernières avancées scientifiques, les succès des acteurs de la biotechnologie et les événements qui animent notre biocluster.

Découvrir >

Innover à nos côtés

Découvrir >
Temps forts

Cartographier en 3D l’activité des organes


L’équipe génopolitaine Sysfate (Genoscope) publie une méthode de cartographie 3D de l’activité moléculaire des tissus biologiques.
Marco Mendoza - responsable de l'équipe SYSFate au Genoscope - Laboratoire génopolitain Marco Mendoza - responsable de l'équipe SYSFate au Genoscope - Laboratoire génopolitain

L’équipe Sysfate (Unité de Génomique métabolique – Genoscope), dirigée par Marco Mendoza, a mis au point une méthode de cartographie tridimensionnelle de l’activité biologique des tissus, utile à la compréhension de la complexité des organes, ainsi qu’à l’étude de leur développement ou de l’impact des maladies. L’équipe applique son système de puces à ADN à double code-barre moléculaire et ses outils bio-informatiques à la technique de transcriptomique spatiale, réduisant ainsi drastiquement son coût et ses limites.

Marco Mendoza a crée, fin 2018, son équipe Sysfate afin d’explorer les mécanismes moléculaires de la neurogenèse.
Il a bénéficié pour cela du programme financier Atige de Genopole, du soutien de l’Université d’Evry et d’équipements scientifiques mis à disposition par Genopole et Télécom Sud Paris.
En 2021, l’équipe a conçu l’outil Multilayer qui, à partir de données de transcriptomique spatiale*, produit des cartes en deux dimensions de l’activité biologique d’organes ou de tissus, comme les tissus tumoraux, cardiaques, etc.
A partir de coupes transversales de tissus, la méthode peut fournir une image rendant compte de l’expression d’un millier de gènes en des centaines de localisations sur le tissu, chaque point correspondant à un ensemble de cellules.

Dans une publication dans Cell Reports Methods en automne 2023, l’équipe a franchi un nouveau cap en parvenant à digitaliser en 3 dimensions des organoïdes, structures multicellulaires reproduisant les tissus cérébraux, produites en laboratoire. La méthode développée par les chercheurs évryens consiste à analyser des coupes successives des organoïdes cérébraux à l’aide d’un système de puces à ADN et établir une cartographie 3D du niveau d’expression des gènes.

L’approche repose sur des avancées technologiques réalisées par l’équipe génopolitaine sur deux axes complémentaires :

  1. La conception d’un système de double code-barre ADN qui assure l’identification précise de la localisation dans l’espace de chaque point du tissu, avec un nombre limité de sondes ADN.
    En effet, la limite majeure à la transcriptomique 3D est le très grand nombre de sondes ADN nécessaire pour marquer chaque point du tissu.
    Là où il fallait plus de 1 000 sondes pour couvrir la surface des organoïdes, la solution développée par l’équipe génopolitaine ne nécessite que 2 séries de 32 sondes, soit 64 sondes : l’espace est quadrillé ; la première série de sondes repère la position « Ligne » et la seconde la position « Colonne »; la combinaison des deux révèle 32 x 32 positions, soit 1024 positions !
  2. L’exploitation des technologies de séquençage ADN de dernière génération et les développements bio-informatiques d’analyse de ces données de séquençage, afin de reconstituer une image tridimensionnelle qui révèle les différences d’expression génique dans le tissu. Les outils identifient également les zones de co-expression des gènes, et découpent ainsi le tissu en sous-structures à l’activité moléculaire similaire.
    L’équipe a notamment exploré l’utilisation de la technologie de séquencage « Nanopore » pour la transcriptomique spatiale en participant au Hackathon D4Gen (Digital for Genomics) organisé par Genopole.

Les chercheurs évryens ont révélé ainsi (cf. figure ci-dessous), sur des organoïdes cérébraux obtenus après des mois de culture au laboratoire et divisés en 15 coupes transversales, l’expression de 4000 gènes par point de lecture (appelé gexel en référence aux pixels des images numérisées), soit plus du double de ce qui est atteint avec les sondes actuellement commercialisées.
Ils ont pu ainsi identifier dans les organoïdes 24 sous-structures tissulaires avec des signatures d’expression génique proche de tissus cérébraux connus comme l’épithélium neuronal ou le cortex cérébral fœtal. La méthode a permis aussi d’étudier individuellement la surexpression de plusieurs gènes d’intérêt dans le tissu (sur la figure, exemple du gène CNTNAP2) et de valider les données par la méthode d’immunofluorescence (CASPR2) dans les sections consécutives de tissus.Equipe Sysfate - Cartographie 3D de l'activité des organes - image tridimensionnelle de la complexité des organoïdes humains

En conclusion


La méthode développée par l’équipe Sysfate a démontré sa performance en apportant une image tridimensionnelle de la complexité des organoïdes humains. Les innovations technologiques de l’équipe, à la fois de génétique moléculaire et de bio-informatique, contribueront à démocratiser et ainsi mieux exploiter le potentiel de la transcriptomique spatiale : la méthode proposée par l’équipe diminue son coût et facilite son application, sans équipement spécifique, sur des surfaces suffisantes pour des études de tissus biologiques complexes, en conditions normales ou pathologiques

Article posté le 18 décembre 2023

Partager
Temps forts

Les dernières actualités


Cellule musculaire dotée de la mutation L1341P montrant la relocalisation de la dyspherine (en vert) dans la cellule ©I-Stem & Généthon

I-Stem & Généthon : approche thérapeutique pour la LGMDR2

Le laboratoire Ibisc a conçu un système de débriefing immersif et démontré son efficacité pour optimiser cette phase clé des formations en réalité virtuelle.

Découvrir
Genopole Research Day 2025 - 13 février

Genopole Research Day pour dynamiser la recherche

Genopole organise le Research Day pour valoriser les projets scientifiques et renforcer les synergies entre recherche académique et industrielle, avec des innovations en biotechnologie et des collaborations prometteuses.

Découvrir
Bioket 2025 - Du 11 au 13 mars 2025 - Conférence dédié à la bioéconomie

Genopole, acteur clé de la bioéconomie à Bioket 2025

Genopole, partenaire Platinium de Bioket 2025, renforce son rôle dans la bioéconomie et présente les innovations en agriculture cellulaire et les synergies entre recherche et industrie pour le développement de solutions durables.

Découvrir
3 Trois startups de Genopole lauréates parmi les 100 inventeurs 2025 du Point

3 Trois startups de Genopole lauréates parmi les 100 inventeurs 2025 du Point

Découvrez trois startups de Genopole, AuraLIP, Fungu’it et Faircraft, récompensées par le Palmarès des Inventeurs 2025 du Point. Elles innovent en agroalimentaire et agritech avec des solutions durables et éthiques. Explorez leur impact sur l'avenir de l'alimentation et des matériaux.

Découvrir
La technologie de transcriptomique spatiale - MERFISH - au sein de la plateforme d’histologie – anatomocytopathologie

Utilisez la technologie de transcriptomique spatiale à Genopole

La plateforme d’histologie – anatomocytopathologie, grâce à la technologie MERFISH, offre une capacité unique d'analyser jusqu'à 1000 gènes à haute résolution dans divers tissus, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche biomédicale et les innovations thérapeutiques.

Découvrir
Plateforme EvryRNA au sein du laboratoire IBSC, soutenue par l'université d'Evry, PAris-Saclay Genople et IFB

Plateforme EvryRNA : 5 nouveaux algorithmes dédiés à l'analyse des ARN non-codants

Le laboratoire Ibisc a conçu un système de débriefing immersif et démontré son efficacité pour optimiser cette phase clé des formations en réalité virtuelle.

Découvrir
Mission Arab Health - Genopole accompagne 5 startups : Cell-Environment, Innovhem, Ispiron, PREDIDIAB et Cementic à Dubaï pour les aider à se positionner sur le marché de la santé de la péninsule arabique

Genopole : 5 Startups en santé explorent les Émirats Arabes Unis

Découvrez comment Genopole accompagne cinq sociétés innovantes en santé, dont Cell-Environment et Innovhem, dans leur expansion aux Émirats Arabes Unis. Une immersion stratégique pour consolider leur business en 2025.

Découvrir
Nutropy - Entreprise Génopolitaine

Nutropy récompensée par le programme French Women Entrepreneurs 40

Nutropy, pionnière des alternatives laitières durables, a été récompensée par le programme French Women Entrepreneurs 40. Explorez son innovation en fermentation et son impact sur l'alimentation durable.

Découvrir
Auralip : Laetitia Halbeisen (à droite sur la photo) et le Dr. Marine Messant (à gauche sur la photo)

AuraLIP sécurise sa première levée de fonds pour accélérer son développement

AuraLIP sécurise sa première levée de fonds pour accélérer son développement dans les ingrédients alimentaires durables à base de chanvre. Soutenue par des investisseurs engagés, l'entreprise prévoit d'industrialiser ses innovations et de renforcer son impact international.

Découvrir
Innovation dans le domaine de la recherche biomédicale au cœur de l'hôpital - Appel à idées innovantes Genopole / CHSF

AAII#7 – 5 nouvelles innovations hospitalières retenues

5 porteurs d’idées d’innovation pour l’hôpital bénéficieront du soutien financier et de l’accompagnement de Genopole pour amorcer leur projet. Ils exercent dans le centre hospitalier sud francilien, le centre hospitalier d’Arpajon ou le centre de réadaptation de Coubert et sont lauréats de l’Appel à idées innovantes #7.

Découvrir
D4MedTech - Tiers-Lieux d’Expérimentation en santé numérique porté par Genopole

D4MedTech : un tiers-lieu pour innover en diabétologie

D4MedTech, lauréat de l’Appel à Projets 'Tiers-Lieux d’Expérimentation' en santé numérique, est un catalyseur d’innovations en diabétologie. Avec des projets comme PREDIDIAB et MFDeep, ce tiers-lieu transforme les parcours de soins et renforce la médecine 5P, soutenu par des partenaires clés.

Découvrir
Science & Techno STilla - Les nouveaux outils de dPCR pour accélérer et sécuriser la mise sur le marché des thérapies cellulaires et géniques

La PCR digitale au service des thérapies innovantes

Genopole et Stilla Technologies ont organisé un atelier sur la PCR digitale (dPCR). Plus de 50 participants ont découvert les avancées technologiques de Stilla, essentielles pour les thérapies cellulaire et génique. Une occasion pour renforcer les liens entre la recherche et l'industrie.

Découvrir
COBIOE - Lancement des groupes de travail et premières sessions

Projet européen COBIOE : Lancement des groupes de travail

Lors de cet événement qui a réuni plus de 70 acteurs européens de la bioproduction, 6 groupes de travail ont été lancés sur des thématiques visant à renforcer la résilience, l'innovation et la compétitivité mondiale de l'Europe dans ce domaine.

Découvrir

Genopole et Croda Pharma organisent Biopharma Innovation Summit

Genopole et Croda Pharma ont organisé Biopharma Innovation Summit pour promouvoir les innovations biopharmaceutiques. L'événement a réuni des experts pour discuter des avancées en biothérapies, systèmes d'administration et collaborations potentielles, mettant en lumière des startups du biocluster et leurs innovations.

Découvrir
Ibisc - laboratoire génopolitain

IBISC : Optimiser le débriefing des formations en VR

Le laboratoire Ibisc a conçu un système de débriefing immersif et démontré son efficacité pour optimiser cette phase clé des formations en réalité virtuelle.

Découvrir
Genopole Partnering Week 2024 - un format hybride au service des biotechs

#GPW 2024 : édition hybride au service de l’innovation biotech

Découvrez les moments forts de la Genopole Partnering Week 2024 : une édition hybride réunissant startups, investisseurs et industriels pour accélérer l'innovation biotech en santé et environnement. Concours de pitches, rencontres BtoB et collaborations prometteuses.

Découvrir
L'équipe de la Biofonderie de Paris dont Genopole est membre au GBA 2024 en Corée

L’implication de Genopole dans la biologie de synthèse en 2024

Genopole renforce son rôle clé dans la biologie synthétique, le biomanufacturing et la bioéconomie comme en témoignent les actions marquantes menées cet automne sur plusieurs scènes nationales et internationales.

Découvrir
Randy Rettberg iGEM Founder & President of iGEM Europe, l'équipe Phagevo (équipe iGem 2024 de l'université d'Evry Paris-Saclay) et l'équipe Genopole

Genopole : acteur incontournable de l’innovation lors de l’iGEM 2024

Lors de l'édition 2024 du concours international iGEM, qui réunit chaque année plus de 400 équipes étudiantes, des chercheurs et des professionnels de l’industrie autour des avancées en biologie synthétique, a permis à Genopole de démontrer son engagement et sa vision en faveur d'une bioéconomie durable.

Découvrir
Mission Bio Japan 2024 : Abolis Biotechnologies et Ispiron, accompagnées par Laurence Lacroix-Orio, directrice du Pôle Croissance et Prospection de Genopole, Paul Caroën, Program Manager et Alexis Biton, coordinateur des affaires internationales

Genopole en mission au Japon, pays fort soutien de la bioindustrie

Genopole a participé au BioJapan 2024 pour renforcer son réseau international. Accompagné de startups innovantes, il a exploré des opportunités de collaboration en biotechnologie, médecine régénérative et Foodtech, soulignant son rôle clé dans la bioéconomie mondiale.

Découvrir
Les projets immobilier du biocluster Genopole - Evry

Genopole soutient la croissance avec une offre foncière adaptée

Pour soutenir la croissance du biocluster Genopole, une offre immobilière adaptée et évolutive est proposée par la SEM Genopole. Avec 41 000 m² de bureaux et laboratoires, et 7 hectares de foncier, elle favorise l’innovation en biotechnologie et prépare l’avenir avec des projets comme GenoLife et Cube.

Découvrir
Voir tout >
Avec le soutien de
Région île de France