L’implication de la Plateforme de séquençage de Genoscope dans la constitution de l’Atlas Européen des Génomes de Référence

Depuis sa création, le Genoscope – Centre National de Séquençage participe à des projets collaboratifs à fort impact scientifique en fournissant à la communauté scientifique toute l’expertise et les capacités de production et d’analyse de données indispensables à ces projets. Grâce à sa collaboration avec le Très Grand Centre de Calculs du CEA, situé lui-aussi en Essonne, le Genoscope – CNS a permis de traiter de très grands ensembles de données en utilisant l’informatique haute performance de pointe. Ainsi, depuis sa création, le Genoscope-CNS a contribué à plus de 750 publications et ceci grâce à sa plateforme de séquençage.

Comme évoqué dans cet article qui valorisait les équipements de la plateforme de séquençage, le Genoscope – CNS a choisi de s’aligner sur la stratégie et les engagements de l’Union Européenne en matière de biodiversité pour 2030.
Accompagné d’autres partenaires européens, le Genoscope – CNS, au travers des ses équipes de recherche et sa plateforme de séquençage composé d’un parc de séquenceurs varié et récent, participe activement à la recherche en génomique de la biodiversité en Europe visant à étayer la conservation de celle-ci et sa biosurveillance basée sur l’ADN par la génération de génomes de référence de haute qualité provenant de toutes les formes de vie afin de d’établir un Atlas européen des génomes de référence (ERGA).

Une réalisation majeur pour les acteurs d’ERGA : l’achèvement du projet pilote

Les acteurs de l’Atlas Européen des Génomes de Référence (ERGA) célèbrent tous une réalisation majeure avec l’achèvement réussi du projet pilote. Cette initiative novatrice a réuni des chercheurs de 33 pays pour produire des génomes de référence de haute qualité pour 98 espèces européennes, faisant progresser la création d’une base de données génomique complète pour la biodiversité européenne. La France a été représentée par le Genoscope – CNS avec un financement du réseau France Génomique.

Les accomplissements du projet pilote incluent les premiers assemblages de génomes au niveau chromosomique pour des espèces de France, telles que le Vison d’Europe (Mustella lutreola) et le Marmottier (Prunus brigantina) (Mc Cartney et al, Nature 2024).
Ces génomes sont désormais accessibles au public, illustrant la puissance de la collaboration internationale dans l’avancement de la recherche sur la biodiversité. La plateforme de séquençage a également permis de séquencer les génomes des espèces Phaeosaccion multiseriatum, Aglaophenia octodonta, Acrocephalus paludicola, Niphargus dancaui, Niphargus schellenbergi, Buccinim undatum…  Mais serez-vous assez curieux pour découvrir quelles espèces se cachent derrière ces noms ? Parmi elles se trouvent des algues, un coquillage présent dans les plateaux de fruits de mer ou un oiseau migrateur !

>>> Publication : The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics – Mc Cartney et al, Nature 2024

Le projet pilote d’ERGA a également mis en évidence l’importance croissante de la génomique de la biodiversité, avec des données destinées à orienter les efforts de conservation et les pratiques durables. Par exemple, le génome de la Grande Argentine, une espèce de poisson d’importance commerciale, aidera à prendre des décisions éclairées sur des pratiques de pêche responsables.

Dans le cadre du projet mondial Earth BioGenome Project, ERGA a démontré qu’un modèle de production de génomes décentralisé et collaboratif est à la fois faisable et efficace, même sans financement centralisé. Ce succès établit une nouvelle norme pour les initiatives de génomique de la biodiversité à grande échelle dans le monde entier !

Parallèlement à cet important programme européen – ERGA, le Genoscope – CNS est impliqué dans  ATLASea (janvier 2023), l’un des projets et équipements prioritaires de recherche (PEPR) exploratoires sélectionnés dans le cadre de France 2030.
Ce programme national ATLASea a pour objectif de séquencer le génome de 4 500 espèces marines contenant, par conséquent, des millions de gènes encore inconnus à ce jour en visant spécifiquement l’analyse des génomes d’un large éventail d’espèces marines dans tous les groupes eucaryotes présents au sein du littoral français, plus précisément dans sa zone économique exclusive (la plus grande du monde, devant celle des Etats-Unis et de l’Australie).

Pour obtenir des renseignements sur les modalités d’accès de la plateforme de séquençage, n’hésitez pas à contacter Pedro OLIVEIRA !

Contact : Pedro OLIVEIRA (Pedro.COUTOOLIVEIRA@genoscope.cns.fr)

Retrouvez la plateforme de séquençage du Genoscope aussi sur le réseau Plug In Labs de l’Université Paris-Saclay

• A propos de GENOSCOPE / Plateforme de Séquençage

  Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de métagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle. L’équipe du laboratoire de séquençage s’implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu’à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième et troisième génération. Ces équipements high-techs permettent d’atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.

  Depuis sa contribution majeure, il y a près de 20 ans, au projet Human Genome en publiant la séquence complète du chromosome 14 (Heilig et al., Nature 2003), la plateforme de séquençage située au cœur du biocluster Genopole installé à Évry-Courcouronnes a réalisé le séquençage de nombreuses plantes (vigne, riz, blé…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignons pathogènes du colza et de la vigne) et de plus d’une centaine de procaryotes.

  > La Plateforme

   

   

• A propos de Genopole

  Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à la bioéconomie, Genopole réunit 66 entreprises, 17 laboratoires de recherche, 24 plateformes technologiques et plateaux techniques mutualisés, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay).

  Son objectif : favoriser l’émergence et la croissance de sociétés de biotechnologie, le transfert d’innovations vers le secteur industriel, le développement de la recherche et l’enseignement supérieur en sciences de la vie. Genopole est un Groupement d’intérêt public principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

  Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes technologiques labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, contactez Julien Picot (julien.picot@genopole.fr).

• A propos d’ERGA

  L’initiative ERGA est une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité. Les génomes de référence fournissent l’aperçu le plus complet des bases génétiques qui constituent chaque espèce et représentent une ressource puissante pour comprendre le fonctionnement de la biodiversité. Alors qu’environ un cinquième des quelques 200 000 espèces européennes sont menacées d’extinction, nous devons agir rapidement et ensemble pour générer à grande échelle des ressources génomiques complètes de haute qualité.

  En savoir plus : https://www.erga-biodiversity.eu/