Depuis sa création en 1997, le Genoscope-CNS (Centre national de séquençage) a pour mission de participer à des projets collaboratifs ambitieux à fort impact scientifique, en fournissant à la communauté scientifique l’expertise de pointe et les capacités de production et d’analyse de données nécessaires à ces projets.
Le Genoscope a ainsi participé au projet Génome humain (chromosome 14), au séquençage de plantes (algues, vigne, bananier, arabette, riz, cacaoyer, luzerne tronquée, blé…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignon pathogène du colza Leptosphaeria maculans, champignon pathogène de la vigne Botrytis cinerea).
Le Genoscope a également réalisé le séquençage de plus d’une centaine de génomes procaryotes.
Intégré depuis 2007 au CEA, le Genoscope exerce aujourd’hui sa mission de service à la communauté scientifique dans le cadre de l’infrastructure nationale France Génomique (www.france-genomique.org), lauréate en 2011 des appels à projets « Investissements d’Avenir ».
Le Genoscope intègre depuis sa création toutes les évolutions technologiques pour maintenir sa compétitivité internationale dans la production et l’analyse de données génomiques. Le parc de séquenceurs est aujourd’hui constitué de 2 Illumina HiSeq4000, 2 Illumina HiSeq2500, 2 Illumina MiSeq, 8 Oxford Nanopore Minlon, un Oxford NanoporePromethlon et 2 ABI 3730xl. Ce parc est complété et/ou remplacé progressivement par les technologies de troisième génération qui apparaissent sur le marché.
Le Genoscope s’appuie par ailleurs sur des ressources et compétences importantes en informatique, bio-informatique et bio-analyse qui font partie intégrante de ses équipes.
Pour ses projets de recherche propres, le Genoscope se consacre à présent principalement à la métagénomique des micro-organismes de l’environnement, en particulier les eucaryotes marins (projet TARA), les organismes présents dans les sols, les flores bactériennes du tube digestif humain et celles impliquées dans l’épuration des eaux. La génomique comparée des plantes est également un sujet développé au Genoscope. L’exploitation des données de séquence, prolongée par l’identification de fonctions biologiques, notamment dans le domaine de la biocatalyse, ouvre des perspectives de développements en biotechnologie industrielle. C’est dans une logique de développement durable que le Genoscope cherche des solutions biologiques dans la chimie de synthèse, afin de la rendre moins polluante et moins consommatrice d’énergie et de carbone fossile.
Le centre a développé dans ce but une plate-forme de criblage d’activités enzymatiques ainsi qu’un laboratoire d’ingénierie métabolique. Ces recherches se font en étroite collaboration avec l’unité mixte de recherche de Génomique métabolique hébergée au Genoscope (UMR 8030 CEA/CNRS/UEVE).
Pour l’ensemble de ses activités, le Genoscope a participé depuis sa création à plus de 500 publications dans des revues à comité de lecture.
