Depuis sa contribution majeure, il y a près de 20 ans, au projet Human Genome en publiant la séquence complète du chromosome 14 (Heilig et al., Nature 2003), la plateforme de séquençage située au cœur du biocluster Genopole a réalisé le séquençage de nombreuses plantes (vigne, riz, blé…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignons pathogènes du colza et de la vigne) et de plus d’une centaine de procaryotes.
Grâce à sa collaboration avec le Très Grand Centre de Calculs du CEA, situé lui-aussi en Essonne, le Genoscope – CNS a permis de traiter de très grands ensembles de données en utilisant l’informatique haute performance de pointe.
Ainsi, depuis sa création, le Genoscope-CNS a contribué à plus de 750 publications et ceci grâce à sa plateforme de séquençage.
Très récemment, le Genoscope – CNS a choisi de s’aligner sur la stratégie et les engagements de l’Union Européenne en matière de biodiversité pour 2030 tels que la lutte contre le déclin des pollinisateurs, l’amélioration de l’état de conservation des espèces et des habitats clés, la promotion de la restauration écologique des systèmes forestiers et des rivières, et la minimisation des impacts des espèces invasives. Accompagné d’autres partenaires européens, le Genoscope – CNS participe activement à la recherche en génomique de la biodiversité en Europe visant à étayer la conservation de celle-ci et sa biosurveillance basée sur l’ADN par la génération de génomes de référence de haute qualité provenant de toutes les formes de vie afin de d’établir un Atlas européen des génomes de référence (ERGA).
L’initiative ERGA est une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité.
Les génomes de référence fournissent l’aperçu le plus complet des bases génétiques qui constituent chaque espèce et représentent une ressource puissante pour comprendre le fonctionnement de la biodiversité. Alors qu’environ un cinquième des quelques 200 000 espèces européennes sont menacées d’extinction, nous devons agir rapidement et ensemble pour générer à grande échelle des ressources génomiques complètes de haute qualité.
Parallèlement à cet important programme européen – ERGA, le Genoscope – CNS a récemment lancé ATLASea (janvier 2023), l’un des projets et équipements prioritaires de recherche (PEPR) exploratoires sélectionnés dans le cadre de France 2030.
Copiloté par le CNRS et le CEA et financé à hauteur de 41,3 millions d’euros sur 8 ans, le programme national ATLASea a pour objectif de séquencer le génome de 4 500 espèces marines contenant, par conséquent, des millions de gènes encore inconnus à ce jour en visant spécifiquement l’analyse des génomes d’un large éventail d’espèces marines dans tous les groupes eucaryotes présents au sein du littoral français, plus précisément dans sa zone économique exclusive qui s’étend sur plus de 11 millions de km2, et qui en fait la plus grande du monde, devant celle des Etats-Unis et de l’Australie.
Un parc de séquenceurs varié et récent
Autre actualité importante de la plateforme de séquençage : l’arrivée, courant 2023, d’un séquenceur Revio (PacBio) dédié au séquençage des longs fragments et capable de séquencer 1 300 génomes humains par an en profondeur 30X, venu renforcer le parc de séquenceurs de la plateforme déjà composé d’un NovaSeq 6000 (Illumina) acquis en 2018, deux MiSeq (Illumina), un PromethION (Oxford Nanopore Technologies), un GridION (Oxford Nanopore Technologies), un MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies) et un DNBSEQ-G400 (MGI Tech).
La plateforme de séquençage au service de la recherche académique
Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de métagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.
L’équipe du laboratoire de séquençage s’implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu’à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième et troisième génération. Ces équipements high-techs permettent d’atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.
Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).
La plateforme de séquençage, comme l’ensemble des plateformes mutualisées du biocluster Genopole, est référencée au sein du réseau Plugs in Labs de l’université Paris-Saclay.
